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生物信息学三大数据库分别是(生物信息学数据库有哪四大类)
1、生物信息资源简介生物信息(bioinformatics)中的“信息(-informatics)”指的是从海量的数据中进行挖掘,从而得到知识的过程,如下图所示。
2、在这个过程中,会涉及到数据的管理,数据的运算,数据挖掘和建模仿真。
3、其中,数据管理部分主要是数据库(database),数据的运算部分主要是指各种生物信息的软件(software tools)。
4、这两部分是生物信息研究非常重要的资源,也是生信入门需要了解的基础知识。
5、下面简要介绍一下这些资源。
6、(本文根据北京大学生物信息学公开课程视频整理,图片来自视频截图)根据不同的特点,可以把这些资源分成不同的类别。
7、比如根据数据性质可以将database分为原始数据(Original data)数据库和二级数据(Secondary data)数据库。
8、再比如根据软件是独立的工具还是网络服务器,可以将software tools分为standalone programs和web servers。
9、根据发布者的类别可以分为centralized resources和individual resources。
10、比较大的centralized resources主要有NCBI(National Center for Biotechnology Information), EBI(European Bioinformatics Institute)和UCSC(University of California Santa Cruz)Genome Browser。
11、下面将分别介绍这三个最大的数据库以及其他的生物信息学数据资源。
12、1.NCBI简介NCBI-Genome Database:存储了目前绝大多数的被测序出来的基因组,目前有1000+基因组被测序出来。
13、NCBI-Nucleotide/protein (RefSeq):将不同的版本作了整合之后的参考序列。
14、其中NM_*表示核酸序列,NP_*表示蛋白序列。
15、其中核酸给出了ID号,名称,物种,特征,编码区,序列等信息。
本文到这结束,希望上面文章对大家有所帮助。
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