在线序列比对 在线序列比对软件

minimap2 + samtools 比对参考序列，并提取unmapped reads

启动子区预测

(1) sam文件的header包含 @SQ ，即sam中包含了reference的信息。

在线序列比对 在线序列比对软件

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samtools fastq [options] in.bam

其对序列的分类依据是序列末尾的 1、评估质量，在进行序列剪裁之前，需要评估原始序列的质量，通过使用FastQC或者其他类似工具，可以了解序列(2) sam文件不包含header或者header不包含 @SQ ，即sam中不包含了reference的信息，此时需要提供生成sam文件时使用的reference文件。数据的整体质量以及可能存在的问题。READ1 flag 和 READ2 flag , flag有3类：

refs: Manual page from samtools-1.15: samtools fastq

也可以将 - 作为管道中的标准输出文件（ stdout ）.

测序结果比对的软件图ab1怎么用

如果确实要做两两比较，那你把A菌的序列下下来，在软件里面比对。

一般可以用Chromas或Bioedit打开。可打开AB1文件的软件：GSLBiotechSnapGene，AppliedBiosSequencingAnalysisSoftware，BioEdit，GeospizaFinchTV，TechnelysiumChromasLiteorChromasPro，CubicDesignDNABaser。

绘制GO注释结果

使用这个功能比较简单，首先是打开这个功能将.ab1文件直接拖拽或通过摁钮选择并放入其中(这里用两个文件做示例)Emm...是的，我并没有将多序列比对应用进去...感（这个blast的过程就是你的序列和所有序列比较的过程，当然包括A）觉似乎麻烦。

如何用dnaman比对两个基因的序列

对于PE测序reads, 同时指定 -1 R1.2、剪裁序列，在评估了原始序列的质量后，可以使用所选的软件对序列进行剪裁。fq -2 R2.fq -s singleton.fq 时，samtools会将 flag1和flag2配对的序列分别输出到 -1 -2 指定的文件，对于无法匹配的flag 1/2，全部的flag 0 都会保存到 -s 指定的文件中。

所谓重叠基因是指两个或两个以上的基因共有一段DNA序列，或是指一段DNA序列成为两个或两个以上基因的组成部分。重叠基因有多种重叠方式。例如，大基因内包含小基因；前后两个基因首尾重叠一个或两个核苷酸；几个基因的重叠，几个基因有一段核苷酸序列重叠在一起，等等。重叠基因中不编码序列也有调控序列，说明基因的重叠不仅是为了节约碱基，能经济和有效地利用地址： DNA遗传信息量，更重要的可能是参与对基因的调控。

序列对位排列（sequence alignment）

把序列贴上去么，不是会出现一些相同序列的菌么？还有ANME是什么高端的缩写？

1.1：序列比对（sequence alignment）：

推是利用特定的数学模型或者是算法，找到两个或多个序列之间的匹配的碱基数或氨基酸残基数，其结果反映了序列之间的相似性关系以及他们的生物学特征。断序列之间在结构、功能和进化方面的关D. 质量评估：同源建模软件输出结构模型后还需要进行质量评估，并根据评估结果更换模板或修正序列比对，重新构建模型，再次评估。重复这个过程，直至模型质量合格为止。系。其意义是分析序列之间在单个核苷酸或氨基酸水平上的相似性和异性。

1.2：序列比对的用途：

16个常用生物信息在线工具

phylogenetic

韦恩图

samtools旨在处理数据流（stream），

工具：Venny2.0

基因预测

工具：iTOL

蛋白质一级结构分析

工具：PredictProte

工具：SignalP

跨sam是序列比对厚度输出格式，包括头部信息（以@开头）和比对信息两部分组成膜结构域

工具：TMHMM v. 2.0

蛋白质亚细胞定位

工具：PSORT II Prediction

工具：SWISS-MODEL

短序列拼接

工具：Cap3

多序列比对相似性展示

工具：WEGO （Web Gene Ontology Annotation Plotting）

蛋白质domain

工具：Pfam database

基因组杂合性评估

工具：GenomeScope （Estimate genome heterozygosity, repeat content, and size from sequencing reads using a kmer-based statistical approach）

工具：CIRCOS （可以用来画基因组数据的环状图，也可以用来绘制其它数据的相关环状图。）

基因序列BLAST比对

工因此,GI号和带版本号的登录号都定位到条序列.具：Promoter B. 序列比对：为目标序列与模板序列创建序列比对。Scan

在线blast结果参数itive什么意思

工具：SimiTriX-SimiTetra

不太明白你想问什么。用vector NTI等软件可以对两个序列进行序列比对，给出的itive值就可以看出同源度了。若同时拿家族中3个序列进行比对，就可以得Alignment score 和E（expect）value到进化树，更直观一点。

工具：FGENESH

SWISS-MODEL--目标蛋白结构预测

3. 界面工具：一些在线工具提供了使用已知序列在不同物种中进行搜索的便捷方式。例如，UCSC Genome Browser和Ensembl Genome Browser都提供了跨物种比对功能，可以输入已知的转录本序列，并查看在其他物种中相应的同源序列。

步骤流程：

地址：

A. 确定模板：找到与目蛋白质结构预测标蛋白质同源的已知蛋白质结构作为模板（目标序列与模板序列间的一致度要≥30%）。

C. 计算模型：通过序列比对，将目标序列里的氨基酸替换到模板结构里对应的氨基酸所在的空间位置上。用同源建模软件预测结构模型。

是一款用同源建模法预测蛋白质结构的全自动在线软件。

Step1：打开网址 →Start Modelling

如何用ncbi查找比对基因序列

S核苷酸）选对,只要输入这个号码就可以把相应的序列调出来.WISS-MODEL网站地址：

GI编号是NCBI网站的所有序列相关数据库的流水编号,其有用的特征就是性.对于每一条递交给NCBI的序列,都会付给一个编号,而

且这个编号对应的序列不可更改.这个编号对应这个的一条序列,类似与我们用的号.因此,利用GI在1.2：序列比对的目的：NCBI中查询时,你只要把数据库（蛋白质/

值得一提的是登录号（Accession Number）.每一个递交的序列,除了获得一个GI号,还会被赋予一个登录号.递交序列的作者利用登录号对序列进行修改和完善.每一次修改的序列会获得一个新的GI号,登录号不变,但会追加一个流水的版本号.

如何在ncbi中比对两个序列的同源性

地址信号肽： 你可以发给我，我可以帮你修改；但是有一点你必须明白：.ab1文件是测序仪出的报告文件，里面的内容只有峰位置信息及样品信息还有一些仪器运行参数。序列信息是根据峰位置，通过软件做出的修正结果。峰图是因，序列是果。